2013-01-01から1年間の記事一覧

超絶高速ゲノム配列検索ツール GGGenome 編集3

しばらくぶりの勤務でした。前回指摘された点について、いくつか動画の手直しや追加を行いました。追加した箇所は以下のとおり。・NCBI BLAST や UCSC BLAT で10塩基の配列の検索を行った結果の画面のスクリーンショットを表示し、これらのサービスでは検索…

超絶高速ゲノム配列検索ツール GGGenome 編集2

最近日中極端に眠い気がします。 さて、GGGenome 動画いったんできましたが、編集長からもっとメリットを前面に出して煽っていけとの指示をいただきました。類似するサービスがある中で GGGenome のメリットはどこにあるのかという点を強調する必要があると…

超絶高速ゲノム配列検索ツール GGGenome 編集1

GGGenome 動画編集開始いたしました。 本日は Camtasia が2落ち。2回めはそこそこ作業が失われました。うんざりしますね。 以下現行の脚本を載せておきます。 GGGenome(ゲゲゲノム) は、DBCLS で提供されているツールの一つで、代表的なモデル生物のゲノム…

超絶高速ゲノム配列検索ツール GGGenome 調査1

DAVID 動画を上げましたというエントリーがありませんが無事に5月末に上がっております。こちら。さて今回より「超絶高速ゲノム配列検索」ツール GGGenome の紹介動画を担当することになりました。DBCLS の @meso_cacase さんが制作・管理されているツール…

DAVIDを使ってマイクロアレイデータを解析する 実践編 Gene ID Conversion Tool の調査

DAVID の Gene ID Conversion Tool について。Biomart の ID 変換では、変換先に複数の ID を選択するなどできますが、実際には手持ちの ID を単一の目的 ID に変換したリストが欲しいだけの場合も多く、その場合は DAVID の ID Conversion Tool で充分です…

DAVIDを使ってマイクロアレイデータを解析する 実践編 動画できたけど

DAVID 動画できました。が、編集長の提案でもう一点追加することになりました。 一応過去の記事に書きましたが、DAVID には Gene ID Conversion Tool というのがあります。遺伝子 ID を別の ID に変換するツールです。 統合TVではこれを行うツールとして過去…

DAVIDを使ってマイクロアレイデータを解析する 実践編

まーた長らく更新を怠りました。毎度反省がありません。DAVID 動画の実践編、撮影・編集に入っております。 DAVID をサイトしている論文をいくつかあたってみましたが、ほとんどのものは GO 解析のみに使っており、たまに KEGG を用いているものを見かける程…