DAVIDを使ってマイクロアレイデータを解析する 実践編

まーた長らく更新を怠りました。毎度反省がありません。

DAVID 動画の実践編、撮影・編集に入っております。
DAVID をサイトしている論文をいくつかあたってみましたが、ほとんどのものは GO 解析のみに使っており、たまに KEGG を用いているものを見かける程度でした。そこで今回の動画ではこれらに絞って使用し、解説することにしました。

例として用いるデータはこちら Gene expression regulation in response to heat stress in different yeast strains
酵母の熱ショック応答前後の遺伝子発現を調べた実験のデータです。GEO2R で "30 min after heat stress" と "before heat stress" の各 6 サンプルずつをそれぞれグループ化し、解析を実行しました。save all result から全データをダウンロードし、openoffice calc で t 値で並べ替え。t 値の高い方と低い方、それぞれ補正p値が0.05 未満の遺伝子を取って、ID のリストを別ファイルに保存しました。
DAVID での GO 解析の結果では、熱ショックで上がっている遺伝子リストからは response to heat や protein catabolic process など、下がっているほうでは ribosome や translation などのタームがエンリッチされていることがわかりました。動画内では前者のリストを用いて説明しています。