お久しぶりです…。 こちらでの報告がだいぶ遅れてしまいましたが、とにかく前回勤務でDAVID の動画をアップいたしました。こちら。http://togotv.dbcls.jp/20120927.html#p01 今回、例として使用する遺伝子リストについて、これぞというものがなかなか見つか…

4回分、特にまとまりがないですが。Functional Annotation Clustering/Chart で term をクリックすると多くの場合その term についてのより詳しい情報が掲載されたページ、普通はそのアノテーションの本家のサイトの該当ページに移動する。ものによっては本…

3回分です。DAVID で使える解析ツールのまとめ。Functional Annotation Tool ・Functional Annotation Clustering リスト中の遺伝子が持っているアノテーションをクラスタリングしたものを表示。リストの遺伝子の機能を概観できる。クラスタリング手法は下記…

更新がだいぶ遅れました、すみません。新しいお仕事として、マイクロアレイのデータ解析ツール DAVID の動画のアップデートをいただきました。旧作はこちらhttp://togotv.dbcls.jp/movie/090925david_f.html例えば GEO2R を使って発現量に変化があった遺伝子…

本日動画編集を完了し、アップいたしました。こちら 前々回の作業中に、NCBI 本家によるチュートリアル動画の存在が判明(こちら)。後出しになってしまったのは若干悔しいですが、まあ気にしません。 さて本日のアップ作業ですが、YouTube にアップしている最…

動画の中で例として用いる実験データを吟味しておりました。今まではかなり適当に選んでいましたが、今回は感覚的に意味がわかりやすいものを選ぼうと思い、時間をかけました。その結果、 GSE17913 Effects of Cigarette Smoke on the Human Oral Mucosal Tr…

前回保留にした、多重検定の補正の話です。 ある有意水準 α で検定を N 回行うと、本当は有意差がないのに誤って帰無仮説を棄却してしまうことが期待値 Nα で起こってしまいます。そこで、余計に帰無仮説を棄却しないように個々の検定の有意水準をいじってや…

デザインを変えてみました。やっぱピンクじゃないと。調査3 回分のまとめです。まだ十分ではありませんが、まとめられるところまで。GEO2R の各タブについて。 ・GEO2R 解析結果を表示する。以下各カラムについて。 adj.P.Val 補正後のP 値。補正については…

本日の放牧で、データセットブラウザの使い方2の動画が完成、アップまで完了いたしました。こちら。引き続き、GEO2Rの調査を開始しました。まだ大雑把ですが調べた内容の簡単なまとめです。 発現量に変化のある遺伝子を検索できる。RパッケージのGEOqueryとl…

ダウンロードデータの説明のほか、一部のちょっとした撮り直しを行い、動画が概ね完成いたしました。次回細かい修正を行い、アップすることになると思います。さて、GEOの動画は旧来、私がこれまで作り直してきた4作とデータ投稿編、でした。そのためこの動…

2月前半はテストやら何やらで忙しかったので、今日が2月最初でございました。前回分を書いてないですね。前回は動画のアップを行ったのですが、音をつけるのにいろいろとてこずったり、tDiaryの編集中にchromeが落っこちるというハプニングに見舞われたりで…

今日は編集長が「一身上の都合により」お休みだったので、動画のアップは見送り、次の動画の編集を行いました。Find genesのところまで終わったくらいです。今日は職員さんのお誕生日で、牧場の皆様がケーキを大変感動しながら召し上がっていたのですが、甘…

動画できました。仕上げ作業に結構時間がかかってしまった(「最終確認」なるものを4回くらい行いましたw)のでアップロードは次回行います。 説明で「Dicer 1 欠乏」としていたところは、ここではDicer 1がノックアウトされているので「Dicer 1 欠損」のほう…

3回分です。動画編集作業が進行中です。前回で1本目のほうがほぼ完成しました。だいたい8分くらいです。やや長いのでダウンロードデータの説明は2本目に回すことにしました。 つまり1本目ではデータセットブラウザまでのたどり着き方と基本的な検索機能及び…