DAVIDを使ってマイクロアレイデータを解析する 調査5〜8

4回分、特にまとまりがないですが。

Functional Annotation Clustering/Chart で term をクリックすると多くの場合その term についてのより詳しい情報が掲載されたページ、普通はそのアノテーションの本家のサイトの該当ページに移動する。ものによっては本家のサイトのトップページに飛ばされるだけだったり、そもそもリンクが貼られていなかったり。
KEGG pathway など一部のパスウェイデータベース由来の term をクリックすると、リスト中の遺伝子をそのパスウェイ上にマッピングした画像を表示できる。こんな↓

demolist1 でKEGG の MAPK Signaling Pathway を見たものの一部。星付きがリストの遺伝子。

Background について
デフォルトでは、対応する生物の遺伝子のうち、選択されているアノテーションが一つ以上ついているものの全体。ゲノムワイドな解析の場合はこれを用いれば良い。また、用いているアレイに対応したリストも用意されている。これらでは気に入らない場合は自分でアップロードして使うこともできる。

調べることはだいたい終わったので、動画内で例として用いる遺伝子リストについて検討していましたが、なかなかしっくりくるのに出会えず結局前作 GEO2R で使ったこれ Effects of Cigarette Smoke on the Human Oral Mucosal Transcriptome を今回も使うことにしました。
喫煙者女性・非喫煙者女性間で有意な発現差がある遺伝子上位 250 個のリストを GEO2R で得、DAVID に投げました。Functional Annotation Clustering の結果、"oxidoreductase" を含むクラスタや "xenobiotic metabolic process" を含むクラスタが上位にできます。Enrichment Score は 2.16 と高くありませんがまあいいでしょう。

以下動画の筋書き。あまり細かいことはやらない方針にしました。

Start Analysis をクリック
リストをアップロード
Gene ID の識別子を選択(AFFYMETRIX_3PRIME_IVT_ID)
List Type を選択(Gene List)
　Background の説明
Submit List
List Manager の "Rename" "Combine" などを説明
Show Gene List をクリック
　適当な Gene Name をクリックして Gene Report を表示
　RG をクリックして 関連遺伝子を表示、カッパ係数について説明
Functional Annotation Tool へ移動
　アノテーションの選択。デフォルトのまま変更はしない
　Functional Annotation Clustering を選択
　　Enrichment Score を説明し、上位のクラスタの特徴を指摘
　　タームを選択して元ページヘ
　　BioCarta か KEGG のタームを選択しパスウェイマップを表示
　　RT をクリックし関連タームを表示
　　グラフのバーをクリックしそのタームをアノテーションに持つ遺伝子を一覧
　　2D view を表示
　Functional Annotation Chart を選択、説明
　Functional Annotation Table を選択、説明
Gene Functional Classification へ移動、説明