しばらくぶりの勤務でした。前回指摘された点について、いくつか動画の手直しや追加を行いました。追加した箇所は以下のとおり。・NCBI BLAST や UCSC BLAT で10塩基の配列の検索を行った結果の画面のスクリーンショットを表示し、これらのサービスでは検索…

最近日中極端に眠い気がします。 さて、GGGenome 動画いったんできましたが、編集長からもっとメリットを前面に出して煽っていけとの指示をいただきました。類似するサービスがある中で GGGenome のメリットはどこにあるのかという点を強調する必要があると…

GGGenome 動画編集開始いたしました。 本日は Camtasia が２落ち。２回めはそこそこ作業が失われました。うんざりしますね。 以下現行の脚本を載せておきます。 GGGenome(ゲゲゲノム) は、DBCLS で提供されているツールの一つで、代表的なモデル生物のゲノム…

DAVID 動画を上げましたというエントリーがありませんが無事に５月末に上がっております。こちら。さて今回より「超絶高速ゲノム配列検索」ツール GGGenome の紹介動画を担当することになりました。DBCLS の @meso_cacase さんが制作・管理されているツール…

DAVID の Gene ID Conversion Tool について。Biomart の ID 変換では、変換先に複数の ID を選択するなどできますが、実際には手持ちの ID を単一の目的 ID に変換したリストが欲しいだけの場合も多く、その場合は DAVID の ID Conversion Tool で充分です…

DAVID 動画できました。が、編集長の提案でもう一点追加することになりました。 一応過去の記事に書きましたが、DAVID には Gene ID Conversion Tool というのがあります。遺伝子 ID を別の ID に変換するツールです。 統合TVではこれを行うツールとして過去…

まーた長らく更新を怠りました。毎度反省がありません。DAVID 動画の実践編、撮影・編集に入っております。 DAVID をサイトしている論文をいくつかあたってみましたが、ほとんどのものは GO 解析のみに使っており、たまに KEGG を用いているものを見かける程…

お久しぶりです…。 こちらでの報告がだいぶ遅れてしまいましたが、とにかく前回勤務でDAVID の動画をアップいたしました。こちら。http://togotv.dbcls.jp/20120927.html#p01 今回、例として使用する遺伝子リストについて、これぞというものがなかなか見つか…

4回分、特にまとまりがないですが。Functional Annotation Clustering/Chart で term をクリックすると多くの場合その term についてのより詳しい情報が掲載されたページ、普通はそのアノテーションの本家のサイトの該当ページに移動する。ものによっては本…

3回分です。DAVID で使える解析ツールのまとめ。Functional Annotation Tool ・Functional Annotation Clustering リスト中の遺伝子が持っているアノテーションをクラスタリングしたものを表示。リストの遺伝子の機能を概観できる。クラスタリング手法は下記…

更新がだいぶ遅れました、すみません。新しいお仕事として、マイクロアレイのデータ解析ツール DAVID の動画のアップデートをいただきました。旧作はこちらhttp://togotv.dbcls.jp/movie/090925david_f.html例えば GEO2R を使って発現量に変化があった遺伝子…

本日動画編集を完了し、アップいたしました。こちら 前々回の作業中に、NCBI 本家によるチュートリアル動画の存在が判明(こちら)。後出しになってしまったのは若干悔しいですが、まあ気にしません。 さて本日のアップ作業ですが、YouTube にアップしている最…

動画の中で例として用いる実験データを吟味しておりました。今まではかなり適当に選んでいましたが、今回は感覚的に意味がわかりやすいものを選ぼうと思い、時間をかけました。その結果、 GSE17913 Effects of Cigarette Smoke on the Human Oral Mucosal Tr…

前回保留にした、多重検定の補正の話です。 ある有意水準 α で検定を N 回行うと、本当は有意差がないのに誤って帰無仮説を棄却してしまうことが期待値 Nα で起こってしまいます。そこで、余計に帰無仮説を棄却しないように個々の検定の有意水準をいじってや…

デザインを変えてみました。やっぱピンクじゃないと。調査3 回分のまとめです。まだ十分ではありませんが、まとめられるところまで。GEO2R の各タブについて。 ・GEO2R 解析結果を表示する。以下各カラムについて。 adj.P.Val 補正後のP 値。補正については…

本日の放牧で、データセットブラウザの使い方2の動画が完成、アップまで完了いたしました。こちら。引き続き、GEO2Rの調査を開始しました。まだ大雑把ですが調べた内容の簡単なまとめです。 発現量に変化のある遺伝子を検索できる。RパッケージのGEOqueryとl…

ダウンロードデータの説明のほか、一部のちょっとした撮り直しを行い、動画が概ね完成いたしました。次回細かい修正を行い、アップすることになると思います。さて、GEOの動画は旧来、私がこれまで作り直してきた4作とデータ投稿編、でした。そのためこの動…

2月前半はテストやら何やらで忙しかったので、今日が2月最初でございました。前回分を書いてないですね。前回は動画のアップを行ったのですが、音をつけるのにいろいろとてこずったり、tDiaryの編集中にchromeが落っこちるというハプニングに見舞われたりで…

今日は編集長が「一身上の都合により」お休みだったので、動画のアップは見送り、次の動画の編集を行いました。Find genesのところまで終わったくらいです。今日は職員さんのお誕生日で、牧場の皆様がケーキを大変感動しながら召し上がっていたのですが、甘…

動画できました。仕上げ作業に結構時間がかかってしまった(「最終確認」なるものを4回くらい行いましたw)のでアップロードは次回行います。 説明で「Dicer 1 欠乏」としていたところは、ここではDicer 1がノックアウトされているので「Dicer 1 欠損」のほう…

3回分です。動画編集作業が進行中です。前回で1本目のほうがほぼ完成しました。だいたい8分くらいです。やや長いのでダウンロードデータの説明は2本目に回すことにしました。 つまり1本目ではデータセットブラウザまでのたどり着き方と基本的な検索機能及び…

先週のぶんと昨日のぶんです。「毎回更新します」がもう崩れましたね。まずはHeatmap以外のツールのやや詳細。・Find genes Find gene name or symbol キーワード入力によりデータセット中の遺伝子をシンプルに検索。 Find genes that are up/down for this …

昨日の放牧では動画の構成を考えました。雑ですが以下が概略。 GEOトップから、Datasets->"miRNA" で検索 例として使うのはGDS3685 Dicer1欠乏肝臓細胞(Mus musculus)の解析 Dicer1はmiRNAを前駆体からmatureにするのに必要なRNaseIII-type酵素。 Expression…

前回のやり残し。及び訂正。 uncentered correlation coefficientですが、ピアソンの相関係数と違って、yi=axi+b (a>0, b≠0)の形では1になりません。b=0のときのみ1です。 変動の仕方しか見ないピアソンの相関係数、そして変動の仕方は見ないユークリッド距…

今日は主に、データセットブラウザのクラスタ解析ツールについて調べました。クラスタリングのアルゴリズムは、以下の3つから選択できます。これらはいずれも、まず各遺伝子を自身だけからなるクラスタと見なし、以後、クラスタ間の距離が近い、すなわちよく…

今回から、GEOのデータセットブラウザの使い方についての動画の制作作業に入りました。データセットブラウザでは、登録された実験ごとのデータセットを、様々なツールを用いて解析したり、検索したりできます。ツールには以下のようなものがあります。・Find…

ひどいことに、一本目が完成してからこちらを更新していなかったですね。ごめんなさい。次回以降は毎回更新します。さてこの間に二本目の動画「NCBI GEOの使い方2〜遺伝子プロファイルの検索・処理済みデータの取得〜」を作成しまして、本日アップロードいた…

昨日の放牧でやっと一本目の動画「NCBI GEOの使い方1〜マイクロアレイデータの検索・取得〜」を完成・アップロードできました。長かった。旧作からの変更点は主に以下の3点。 ・最近新しくなったインターフェースに対応 ・1サンプルのみのデータダウンロード…

本日の放牧で動画が一応完成するはずだったのですが、旧版の動画にない部分を調べたり部分的に撮り直しをしたりしていたら終わりませんでした。でもまああとちょっとです。今回の動画では登録されているマイクロアレイ実験の生データのダウンロードまでを案…

こちらの記入を怠っていましたすみません。動画の作成は一応順調に進んでおります。「一応」というのは、一遍camtasia_ochitaをくらってしまって後退したけれどそれを除いては、ということです。こまめに保存しましょう。一応大枠としては明日完成できるくら…