NCBI GEOの二本目完成

ひどいことに、一本目が完成してからこちらを更新していなかったですね。ごめんなさい。次回以降は毎回更新します。

さてこの間に二本目の動画「NCBI GEOの使い方2〜遺伝子プロファイルの検索・処理済みデータの取得〜」を作成しまして、本日アップロードいたしました。

GEOの遺伝子プロファイル検索機能では、ある遺伝子が各実験の異なる条件下でどのような発現の仕方をしているかを調べることができます。発現量は条件ごとグラフで表されており視覚的にわかりやすいですが、絶対的な発現量だけでなく相対的な発現量の変化にも注意する必要があり、動画内でそのあたりは強調して説明しています。

動画の後半では正規化されたデータのダウンロードとその見方を説明しています。マイクロアレイのデータにはプローブの不均一性などによりノイズが入ってしまう(別の遺伝子で同じレベルのシグナルが得られても、必ずしも発現量が同じとは限らない)ので、解析するにはまず正規化してやる必要があります。GEOでは生データだけでなく処理済みのデータも取得でき、動画内でそれについて紹介しています。