NCBI GEOの使い方3 データセットブラウザの使い方 下調べ1
今回から、GEOのデータセットブラウザの使い方についての動画の制作作業に入りました。
データセットブラウザでは、登録された実験ごとのデータセットを、様々なツールを用いて解析したり、検索したりできます。ツールには以下のようなものがあります。
・Find genes
データセット中の遺伝子の検索。オプションで、発現量変化がサンプルカテゴリー間で大きいものだけを表示することができる。
・Compare 2 sets of samples
サンプル群を自分で指定し、サンプル群の間で有意差のある遺伝子を表示する。
・Cluster heatmaps
各サンプルの発現量に基づく、遺伝子のクラスタリング。
・Experiment design and value distribution
正規化されたデータによる、各サンプルの発現分布を調べる。
量が多いので動画は旧作同様二本になりそうです。細かい構成については次回以降検討します。