DAVIDを使ってマイクロアレイデータを解析する 実践編 Gene ID Conversion Tool の調査

DAVID の Gene ID Conversion Tool について。

Biomart の ID 変換では、変換先に複数の ID を選択するなどできますが、実際には手持ちの ID を単一の目的 ID に変換したリストが欲しいだけの場合も多く、その場合は DAVID の ID Conversion Tool で充分です。リストをアップロード、変換先の ID を指定してサブミット、というごく簡単な手順で変換したリストを得ることができます。

ところで、アップロードしたリストの ID の中には、変換実行時に ambiguous と判定されるものがあります。リストをアップする時の ID 指定に "Not Sure" を選択している場合は、同じ名前の ID が別のデータベースでつけられていることがあれば ambiguous として表示され、候補を表示してユーザーにどの ID として使うか判断を仰ぐ、ということで問題ないです。ところが、ID を予め指定していて、しかも他に候補がない場合にも ambiguous が出てくることがあり、これが何だかよくわかりません。バグでしょうか。

これはとりあえず置いておいて、撮影しました。既にアップロードしたリストに対して REFSEQ_GENOMIC への変換を行なっています。

火曜日に講習会があるとのことなので、なるべく月曜にアップできるようにします。