先週のぶんと昨日のぶんです。「毎回更新します」がもう崩れましたね。まずはHeatmap以外のツールのやや詳細。・Find genes Find gene name or symbol キーワード入力によりデータセット中の遺伝子をシンプルに検索。 Find genes that are up/down for this …

昨日の放牧では動画の構成を考えました。雑ですが以下が概略。 GEOトップから、Datasets->"miRNA" で検索 例として使うのはGDS3685 Dicer1欠乏肝臓細胞(Mus musculus)の解析 Dicer1はmiRNAを前駆体からmatureにするのに必要なRNaseIII-type酵素。 Expression…

前回のやり残し。及び訂正。 uncentered correlation coefficientですが、ピアソンの相関係数と違って、yi=axi+b (a>0, b≠0)の形では1になりません。b=0のときのみ1です。 変動の仕方しか見ないピアソンの相関係数、そして変動の仕方は見ないユークリッド距…

今日は主に、データセットブラウザのクラスタ解析ツールについて調べました。クラスタリングのアルゴリズムは、以下の3つから選択できます。これらはいずれも、まず各遺伝子を自身だけからなるクラスタと見なし、以後、クラスタ間の距離が近い、すなわちよく…

今回から、GEOのデータセットブラウザの使い方についての動画の制作作業に入りました。データセットブラウザでは、登録された実験ごとのデータセットを、様々なツールを用いて解析したり、検索したりできます。ツールには以下のようなものがあります。・Find…

ひどいことに、一本目が完成してからこちらを更新していなかったですね。ごめんなさい。次回以降は毎回更新します。さてこの間に二本目の動画「NCBI GEOの使い方2〜遺伝子プロファイルの検索・処理済みデータの取得〜」を作成しまして、本日アップロードいた…

昨日の放牧でやっと一本目の動画「NCBI GEOの使い方1〜マイクロアレイデータの検索・取得〜」を完成・アップロードできました。長かった。旧作からの変更点は主に以下の3点。 ・最近新しくなったインターフェースに対応 ・1サンプルのみのデータダウンロード…

本日の放牧で動画が一応完成するはずだったのですが、旧版の動画にない部分を調べたり部分的に撮り直しをしたりしていたら終わりませんでした。でもまああとちょっとです。今回の動画では登録されているマイクロアレイ実験の生データのダウンロードまでを案…

こちらの記入を怠っていましたすみません。動画の作成は一応順調に進んでおります。「一応」というのは、一遍camtasia_ochitaをくらってしまって後退したけれどそれを除いては、ということです。こまめに保存しましょう。一応大枠としては明日完成できるくら…

前回の放牧からの2週間のうちに、NCBI GEOのインターフェースが変わってしまいました。驚きました。変更前は旧版の動画で紹介されているのと同じだったのですが。まあこれで作りがいがアップというものです。変更点を飲み込むのに少し時間を取られました。そ…

タイトルを打ちながら「遅ればせ」の「ばせ」とは何ぞやと思ったので調べてみたところ、｢馳せ｣であるそうな。知らなかったのは私だけでありましょうか。 そんなことはどうでもよく、まことに遅ればせながらDBCLSでの仕事のログを付けることをようやく始めま…