NCBI GEOの使い方3 データセットブラウザの使い方 下調べ4

昨日の放牧では動画の構成を考えました。雑ですが以下が概略。

GEOトップから、Datasets->"miRNA" で検索
例として使うのはGDS3685 Dicer1欠乏肝臓細胞(Mus musculus)の解析
　Dicer1はmiRNAを前駆体からmatureにするのに必要なRNaseIII-type酵素。
Expression Profilesからデータセット内の個々の遺伝子の発現変化を見られること
Sample Subsetsからサンプルの情報を見られること
Downloadのデータ(5種)の説明

Heatmapの説明
1. 階層的クラスタリング
DistanceとLinkageを選んでdisplay
ここからDistanceとAlgorithmを変えることもできる。色も変えられる。
範囲選択してStack upでその範囲を拡大表示。各ノードとサンプル・遺伝子の対応が表示される。サンプルのIDと内容の対応は元のページのSample Subsetsを参照。
更に選択してPlot values, プロットで見られる。
View in Entrezで各遺伝子の発現量棒グラフ
Downloadでテキストファイルでダウンロード

2.分割最適化クラスタリング
Distance, K-method(Mean or Median), Clusters-k(2-15)を決めてDisplay
各クラスタをクリックすると1と同じように扱える。
リトライすると結果は変わる。

3.染色体上位置
ほぼ紹介のみ。拡大してサンプル番号を確認。

この調子だと2本目の動画がやや短くなるような気もします。次回は2本目の動画で紹介する内容についてもう少し調べ、構成の最終調整をします。変にアンバランスにならないよう、2本とも構成を確定してから撮り始めようと思います。