NCBI GEOの使い方5 GEO2Rの使い方調査1

本日の放牧で、データセットブラウザの使い方2の動画が完成、アップまで完了いたしました。こちら。

引き続き、GEO2Rの調査を開始しました。まだ大雑把ですが調べた内容の簡単なまとめです。

発現量に変化のある遺伝子を検索できる。RパッケージのGEOqueryとlimma(Linear Models for Microarray Analysis)を使用している。
実験の詳細ページの"Analyze with GEO2R"から飛ぶか、直接GEO2Rにアクセスしてアクセッション番号を入力する。サンプル一覧が表示されるので、比較する2群を設定して"Top 250"をクリック。デフォルトではt検定のP値の小さい順に250個の遺伝子が表示される。
実行されたRのスクリプトも表示してくれるが、基本勝手にやってくれるので、Rが入っていなくてもRを知らなくても大丈夫。
前作で紹介したデータセットブラウザから使えるツールとの違いは
・データセットブラウザでは、投稿されたデータをGEOがまとめ直したものが対象。投稿されたてのデータは解析できない
・GEO2Rでは投稿されたオリジナルのデータが対象。そのぶん、正確性に欠けるデータも対象にできてしまうので注意が必要。

統計関連の用語でよく知らないものが見られるのでその辺りも含めてこれから更なる調査を進めます。