NCBI GEOの使い方5 GEO2Rの使い方 調査6・7, 動画編集1

動画の中で例として用いる実験データを吟味しておりました。今まではかなり適当に選んでいましたが、今回は感覚的に意味がわかりやすいものを選ぼうと思い、時間をかけました。その結果、
GSE17913 Effects of Cigarette Smoke on the Human Oral Mucosal Transcriptome
に決定。喫煙者と非喫煙者で口腔粘膜の遺伝子発現を比較した実験です。異物代謝に関わる遺伝子(ex. cytochrome P 450)や酸化ストレスに関わる遺伝子が、喫煙者では非喫煙者に対して高発現している、というようなわかりやすい結果が出ています。
これで動画を撮れる状態になりましたので、撮影・編集を開始しました。以下大まかな筋書きです。

GEO トップから series -> cigarette smoke で検索
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GSE17913 を選択
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never_smoker_female と smoker_female をそれぞれグループに
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value distribution で発現分布を確認、export からテキストで表示
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デフォルトの設定で top 250
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各カラムの説明
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CYP1B1 の発現量グラフを表示
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select columns でカラムを変更(logFC を外し GO.Function を入れる)
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save all result で結果をテキストで表示、保存
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options の各項目の説明
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profile graph で適当な遺伝子(NFE2L2; 酸化ストレスにより活性化する転写因子)の発現グラフを表示。遺伝子の ID は View data for GPL**** から探す
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R script を表示

今日の放牧で、options の説明に入るあたりまで編集しました。長さは10分くらいになりそうです。